Setelah SD Santo Kristoforus mulai meluluskan siswa, organ yayasan dan Dewan Paroki mulai memikirkan nasib pendidikan para siswa yang sudah diluluskan itu. Setelah meluluskan dua gelombang siswa SD tahun 1990 Yayasan Diannanda secara resmi memulai SMP Santo Kristoforus. Kegiatan belajar mengajar masih menggunakan gedung SD Santo Kristoforus. Pada saat itu kelas dilaksanakan pada siang hari sesudah siswa SD pulang. Angkatan pertama pada sekolah yang baru ini berjumlah 68 siswa.

Tahun 1992 SMP Santo Kristoforus melaksanakan akreditasi untuk pertama kali dan memperoleh status diakui. Pada akreditasi kedua November 1999, SMP Santo Kristoforus memperoleh hasil Disamakan. Pada akreditasi ketiga November 2006, hasil yang dicapai adalah Amat Baik (A). Hasil akreditasi “A” sampai saat ini masih dapat dipertahankan dengan kualitas nilai yang semakin meningkat.

Sering dengan perkembangan Yayasan Diannanda Persekolahan Santo Kristoforus, tanggal 24 Agustus 1997, Paroki Santo Kristoforus dan Yayasan Diannanda mengadakan pesta syukur meriah dengan diresmikan dan diberkatinya Aula dan Gedung Sekolah oleh Duta Besar Vatikan untuk Indonesia Mgr. Pietro Sambi.

Gedung ini menjadi simbol kasih Paroki untuk Yayasan Diannanda, yakni aula paroki yang juga digunakan untuk kegiatan sekolah menopang SMP dan SMA Santo Kristoforus I. Kelas-kelas SMP dan SMA Santo Kristoforus I berdiri di atas aula sehingga gedung ini terdiri dari 4 lantai dengan lantai 1 untuk aula, lantai 2-4 untuk persekolahan SMP dan SMA Santo Kristoforus II.

Pada peresmian gedung ini, Mgr. Pietro Sambi menggaris-bawahi bahwa pembangunan gedung ini bisa terlaksana karena kerjasama luar biasa dari begitu banyak pihak. Mgr. Pietro Sambi mengharapkan agar kerjasama itu tetap dijaga ke depan dalam kerangka persatuan dan cinta kasih untuk mencapai hasil yang optimal. Mgr. Pietro Sambi juga berpesan, “Sekolah Katolik harus bermutu tinggi seperti pelita yang ditempatkan di atas kaki dian.”